Vibração molecular

…

Fônons

…

PHONOPY

Instalação e uso

Abordagem dos deslocamentos finitos

Grafeno

$ phonopy --siesta -d --dim="5 5 1" -c input.fdf

$ cp input.fdf header.fdf

ajuste os parâmetros iniciais um arquivo de entrada no arquivo header.fdf sem o LatticeConstant, LatticeVectors, e AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies.

# file: create_disp.sh

num_disp=`ls supercell-* | wc -l`

for i in $(seq -w 001 $num_disp)
  do
  mkdir disp-$i
  cat header.fdf supercell-$i.fdf > disp-$i/input.fdf
  cp *.psf disp-$i
done

Run create_disp.sh script:

$ sh create_disp.sh

Run run_ph.sh script:

# file: run_ph.sh
export OMP_NUM_THREADS=1

num_disp=`ls supercell-* | wc -l`
for i in $(seq -w 001 $num_disp)
  do
  cd disp-$i
  mpirun -np 4 siesta-mpi input.fdf > job.out
  cd ..
done

Create FORCES_SET with the command

$ phonopy --siesta -f disp-{001..024}/*.FA

…

$ phonopy --siesta -c input.fdf settings.conf -p

…

$ phonopy-bandplot --gnuplot band.yaml > band_ph.dat

Forças residuais

$ mkdir residual
$ cat header.fdf supercell.fdf > residual.fdf
$ cp *.psf residual/

$ phonopy --siesta --fz residual/*.FA disp-{001..024}/*.FA

.

Supercélulas não-diagonais

Fósforo negro

$ phonopy --siesta -d --dim="4 8 0   -4 0 0   0 0 1" -c input.fdf

…