Vibração molecular
…
Fônons
…
PHONOPY
Instalação e uso
Abordagem dos deslocamentos finitos
Grafeno
$ phonopy --siesta -d --dim="5 5 1" -c input.fdf
$ cp input.fdf header.fdf
ajuste os parâmetros iniciais um arquivo de entrada no arquivo header.fdf sem o LatticeConstant, LatticeVectors, e AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies.
# file: create_disp.sh
num_disp=`ls supercell-* | wc -l`
for i in $(seq -w 001 $num_disp)
do
mkdir disp-$i
cat header.fdf supercell-$i.fdf > disp-$i/input.fdf
cp *.psf disp-$i
done
Run create_disp.sh script:
$ sh create_disp.sh
Run run_ph.sh script:
# file: run_ph.sh
export OMP_NUM_THREADS=1
num_disp=`ls supercell-* | wc -l`
for i in $(seq -w 001 $num_disp)
do
cd disp-$i
mpirun -np 4 siesta-mpi input.fdf > job.out
cd ..
done
Create FORCES_SET with the command
$ phonopy --siesta -f disp-{001..024}/*.FA
…
$ phonopy --siesta -c input.fdf settings.conf -p
…
$ phonopy-bandplot --gnuplot band.yaml > band_ph.dat
Forças residuais
$ mkdir residual
$ cat header.fdf supercell.fdf > residual.fdf
$ cp *.psf residual/
$ phonopy --siesta --fz residual/*.FA disp-{001..024}/*.FA
.
Supercélulas não-diagonais
Fósforo negro
$ phonopy --siesta -d --dim="4 8 0 -4 0 0 0 0 1" -c input.fdf
…
MackSim 